抗虫棉的前期生长发育较常规棉相对迟缓，应以促为主，只有良好的土地肥力才能地克服这个弱点。施肥的原则是：施足底肥，增施钾肥，轻施苗肥，稳施蕾肥，重施初花肥，补施盖顶肥，后期加强叶面喷肥。
基肥要足：主要以农家肥为主，配合化肥施足底肥，亩施农家肥宜在3方以上，或饼肥50公斤，纯氮不少于9～13公斤，纯磷10公斤，纯钾8～10公斤，锌肥1.5公斤，硼肥0.5公斤。在肥不足的地方，可适当增加氮、磷、钾的用量。
苗肥要轻：在苗期追施应以氮肥为主，每亩追施3～5公斤，或氢氨10公斤，一般追施10厘米左右，底肥充足的可不施苗肥。
蕾肥要稳要巧：蕾期施肥是棉花全生育期难的一个环节，同时也是棉花丰产的关键，要避免三碰头，即避免肥多水多长势旺三者碰在一起，因此施肥的时间应按“看天、看地、看肥、看棉花”的四看原则灵活掌握，总的原则是肥效能在盛花期充分发挥。旱薄地要早施，肥水充足的地应晚施。底肥足苗势壮的可少施或不施。底肥少苗势弱的要早施多施。
花铃肥要重：花铃期是棉花一生中发育旺盛需肥水多的时期，重施花铃肥是 开花结铃夺高产的关键。抗虫棉开花后生长进程加快，中下部结铃早且集中，花铃肥要偏早深施，一般比常规棉早施10天，于初花期追施为宜，对土壤肥力较高，底肥充足的，棉株长势壮旺的可适当晚追，推迟到盛花期追施为宜。无论各类棉田都要以氮肥为主，配合磷钾肥，一般亩追尿素15～20公斤，磷钾肥各施5～10公斤，深10厘米，距棉株30厘米左右。浅施肥料，肥料不但利用率低，而且易产生有毒物质，轻则伤根，重则死苗。
盖顶肥要补：盖顶肥以防棉花后期早衰，实现秋桃盖顶的关键肥料，有早衰迹象的棉田，早施重施，生长健壮的要轻施或迟施，肥地、粘土地后劲长的棉田和麦套棉可不施，以防贪青晚熟。抗虫棉花的后期，由于单株结铃性强，根系功能降低，可加强叶面追肥，早衰性的要喷2%的尿素水溶液，贪青型的喷0.4%的磷酸二氢钾或3%的过磷酸钙浸出液，7～10天一次，连喷3～4次为宜。
棉花整个生育期的追肥量要灵活掌握，肥料分配大致是：苗期15%～20%，蕾期25%～30%，初花期或盛花期50%以上，磷肥要求全部底施，钾肥底施或底肥追肥各占一半，钾肥追施的这部分要和花铃肥同时追施为佳。因为磷钾肥的大量积累是在棉花的中后期。
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