1、棉花红叶茎枯病：红叶茎枯病是一种生理性病害，主要发病原因是在棉株生长旺盛时期，由于田间水肥供应不足，尤其是土壤缺钾引起的，缺钾越重，发病越早，因为棉花本身是一种喜钾作物，尤其是转基因抗虫棉品种，由于结铃性强，所以对钾肥的需求量比一般的常规品种高，一旦供应不足，便会导致红叶茎枯病的发生。
该病的发生初期，叶片出现红色或紫红色斑点，然后逐渐扩展，除叶脉及其附近保持绿色外，其他部分全部变成紫红或红褐色，后全叶变红，且边缘向下卷曲。严重时叶柄茎部变软失水，叶片从上到下干枯脱落，甚至全株死亡，后期发病，茎杆和茎叶基部常发生褐色或黑褐色的条状不规则病斑，同时在叶片上出现很多圆形或不规则形病斑，导致主根短，侧根，但维管束不变色。
防治方法：平衡施肥，重施底肥，巧施、追施钾肥和喷施磷酸二氢钾及其他光和叶面微肥。
2、棉花枯、黄萎病：棉花枯萎病黄萎病都是危害棉花茎杆，造成全株发病的重要病害。两种病菌都是侵染危害茎杆内的维管束组织，影响养分水分向上输送，导致棉株枯死，棉株一旦染病，常年受害，轻则减产，重则绝收，难治，有棉花“癌症”之称。
棉花感染枯萎病后，由于生育期及气候条件的不同，可表现出黄色网纹型、青枯型、紫红型、黄化型、矮缩型等六种不同的症状类型，无论哪种类型的病株剖开其根茎后，木质部导管变褐色，是其共同特征。
棉花现蕾前后出现黄萎病症状，棉株中下部叶片的叶缘和叶脉间产生淡黄色不规则病斑，扩大为黄斑，而后变褐色呈掌状斑驳，叶片边缘稍向上卷曲，严重时全株枯死，但叶片一般不脱落。在结铃期每逢大雨过后，则可出现一种急性黄萎，叶片主脉间产生水浸状淡绿色病块，叶片很快下垂，有时枯黄萎病混合发生。
防治方法：无病保护，初发早治，重病轮作换茬，要增施钾肥，氮磷钾要平衡合理配比。
对轻病株要及早用50%的多菌灵500倍液，70%的甲基托布津800倍液，70%的双效灵500倍液，70%的敌克松500倍液，25%的苯来特500倍液，农抗（120）200倍液，菌根消500倍液，任选其中一种灌根。也可用离子素或高锰酸钾作灌根处理。重病株及时拔除，远离棉田。
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